Ze zoologického hlediska patří Načeratický kopec k nejvýznamnějším xerotermním lokalitám na jižní Moravě a řadí se zároveň k nejcennějším opuštěným vojenským prostorům v ČR. Je významný nejen rozlohou stepních biotopů, ale i dlouhou časovou kontinuitou bezlesí a zachováním pravidelně disturbovaných ploch alespoň na malé části území. Soustavnější inventarizační průzkumy byly provedeny u vybraných skupin bezobratlých, především brouků a motýlů. Z brouků zde bylo zaznamenáno více než 230 druhů, z nichž 6 je zvláště chráněných a 30 druhů je uvedených v červeném seznamu ohrožených druhů. K mimořádně významným nálezům patří krasec Sphaenoptera substriata, mandelinky Cryptocephalus schaeffe a Cheilotoma musciformi, a nosatec Anthonomus rubripes. Z motýlů zde bylo zaznamenáno nejméně 5 zvláště chráněných druhů a 20 taxonů zařazených do červeného seznamu ohrožených druhů, včetně v České republice kriticky ohrožených přástevníků mařinkového (Watsonarctia casta) a svízelového (Chelis maculosa).
Nadregionální význam má lokalita pro dva druhy ptáků uvedené v příloze I Směrnice o stanovištích - pěnici vlaškou (Sylvia nisoria) a ťuhýka obecného (Lanius collurio).
Načeratický kopec přestavuje jednu z nejvýznamnějších lokalit teplomilné flóry jihovýchodního okraje Českého masivu. Vedle převládajících suchých trávníků je třeba uvést i několik dalších, plošně omezenějších vegetačních typů - nízké xerotermní křoviny s růží bedrníkolistou (Rosa spinosissima) a třešní křovitou (Prunus fruticosa), fragmenty suchého vřesoviště s kručinkou chlupatou (Genista pilosa) či vegetaci s rozchodníky a jarními efeméry v mozaice s acidofilními trávníky mělkých půd na exponovaných místech v okolí skalních výchozů. Z celkem 290 taxonů zaznamenaných zde inventarizačním průzkumem je 11 z nich zvláště chráněných a 69 taxonů je vedeno v černém a červeném seznamu cévnatých rostlin ČR.